传说当世界陷入黑暗的危难之际，拥有神奇力量的光之美少女便会出现人间，打败黑暗邪恶的敌人，拯救世界。不久之前，十几位光之美少女现身横滨，解除了人类的危机。某中学转学生坂上步（能登麻美子配音）是一个内向害羞的女孩，虽然和同学们都是光之美少女的崇拜者，无奈却无法鼓起勇气和同学们交流。在放学回家的路上，苦恼的小步突然看见一个神…

名为五河士道的男生，所处的世界，正被从异界而来精灵，用超能力有意或无意的破坏。要对抗精灵，人类能选择的手段，是用武力消灭精灵，或是――『与精灵约会，使其娇羞』！士道拥有封印精灵灵力，并转换为自身力量的特殊能力，不过，他施展能力的方式有点特别亲亲。施展条件，得是与精灵约会，让精灵真心诚意的娇羞。经过一次次又约又战的约会，…

喧嚣嘈杂的东京，都市人为了生计奔波劳碌，承受着巨大的压力，当一切逼近极限时，悲剧不可避免地上演。美丽安静的鹭月子凭借小狗娃娃麻露美成为炙手可热的设计师，与此同时她也遭遇来自同行的妒嫉以及下一次创作的瓶颈。在一次夜归途中，月子受伤住院，她声称遭到一名手持弯曲金属球棍、脚蹬黄金滑轮的少年的袭击。在此之后，“球棍少年”的袭击…

空（松冈祯丞 配音）和白（芽野爱衣）是网络世界里人尽皆知的传奇人物，两人在虚拟的战斗中所向披靡，甚至被称为传说一般的存在。然而，在现实世界中，兄妹两人却是连家门都不敢出的“御宅族”，患有严重的人群恐惧症。某日，空和白收到了一位陌生少年传来的讯息，因而被召唤到了异世界中，在这里，人类种、森精种、天翼种和机凯种生活在同一片…

在家长重重压力下想要离家出走的大雄（大原惠美 配音）、胖虎（木村昴 配音）、小夫（关智一 配音）和静香（嘉数由美 配音），在哆啦A梦（水田山葵 配音）的协助下来到了七万年前的地球。在创造属于自己的世外桃源时，他们偶遇神秘少年古古儿，继而被卷入了光明族和黑暗族的部落争斗之中。大家齐心协力智斗巨尊比，不想却发现了一个惊天秘密……

铁剑（高山南 配音）奉父之命潜心钻研剑道，在比赛场上遇见了一生的宿敌鬼丸猛（堀川亮 配音），几番较量之下，鬼丸猛成为了铁剑的手下败将，不甘心的他被风神附体，得到了绝世珍宝风神剑。这边厢，铁剑亦得到了同样拥有强大力量的雷神剑，鬼丸猛一心想要夺走雷神剑，实现自己双剑合璧统治地球的野心，然而却总是不敌铁剑。

稻叶夕士（阿部敦配音）是刚刚考入了东条商校就读的一年级男生，因为童年时代的不幸遭遇，稻叶一直以来都寄宿在亲戚的家中，过着寄人篱下的生活。如今，考上了寄宿制的高中，稻叶对未来自由的生活充满了憧憬。稻叶搬进了名为寿庄的公寓里，让他没有想到的是，这并不是一间普通的公寓，而是妖怪和人类混居的妖怪公寓，稻叶的房东，就是一只外表如…

故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中……

由于违反了宿舍规定而被逐出住所的神田空太（松冈祯丞 配音）带着自己的爱猫流落在街头，不得已，他只能够住进了人称“问题学生集中营”的老旧宿舍——樱花庄。果然，接二连三出现的怪人让空太更加确信了流言的可信度，但在相处的同时，空太也发现，虽然身为问题学生，但樱花庄稀奇古怪的住 客们其实都有着天真和善良的心地。

成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。